公立醫院屬政府性質組織，依所得稅法§4，各級政府機關所得及公有事業所得免納所得稅。本文以財務會計與所得稅制之議題為主軸，討論與比較私立醫療機構、醫療財團法人與醫療社團法人之課稅差異。日前財政部預告修正之教育文化公益慈善機關或團體免納所得稅適用標準，期望將醫療法人導回醫療服務正軌，強化社會公益角色。
所得稅法§11Ⅳ規定之教育、文化、公益、慈善機關或團體，如符合行政院發布之教育文化公益慈善機關或團體免納所得稅適用標準，本身所得及附屬作業組織所得，除銷售貨物或勞務之所得應課徵所得稅外，免納所得稅；銷售貨物或勞務之虧損如符合所得稅法§39但書規定可適用盈虧互抵。
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