民法抵銷制度在公法上之適用,若公法法律有明文規定債權抵銷者,則應先依該法律規定為之,例如,稅捐稽徵法第29條「納稅義務人應退之稅捐,稅捐稽徵機關應先抵繳其積欠。並於扣抵後,應即通知該納稅義務人」,即為稅捐抵銷之法律明文規定。 稅捐機關主張抵銷之法律性質,是否為行政處分或公法意思表示之性質,目前仍有爭論,實務上通常會依通知之記載內容及教示制度,認定為具有行政處分性質;人民若對稅捐機關主張抵銷不服,可循行政爭訟途徑提起救濟。不過,行政訴訟審判權範圍,係以當事人起訴所爭執之事項,原則上須為公法上爭議為限,若屬尚待普通法院審認之私法債權,實務見解認為不在行政訴訟上准許抵銷之列。
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