賄賂罪犯罪所得之沒收

甲建商為承作公共工程，向主管以公務員約定100萬元行賄，乙為讓甲得標，積極違法運作評選過程，使得甲以1億元承作該工程，事後甲依乙的指示，將40萬元現金交給乙，另外60萬元現金直接交給乙前妻丙，不知其事的餅收到60萬元後，直接換成美金，支付未成年女兒丁的學費。未料該衝程不順，甲原估可以淨賺2,500萬元，卻因國際銅價變動，甲總共支出9,000萬元。事後因有應有人密告，檢察官偵查並起訴甲、以犯違背職務行混及受賄罪，法院亦認為均有罪。請問本案應如何沒收犯罪所得？