近年來，徵納雙方間，常發生漏報營業稅以致產生營利事業所得稅及綜合所得稅等相牽連案件調查基準日爭議，明明納稅義務人在稅捐稽徵機關發文調查前已自動補申報相關稅捐求免罰，部分稅捐機關卻表示調查基準日非該發文日，因為調查基準日應按其他機關或稅捐機關調查其他稅目的發文調查日為準，造成納稅義務人不明所以然，故爭訟情事一再發生，造成爭議不斷。本文以最高行政法院109年度判字第249號與財政部相關案例見解為例，分析不同稅目或機關調查基準日的效力問題，並提出解決方法，期能明確調查基本準日的認定標準，以減少這類案件的爭議性。