次世代基因定序使用DNA及RNA於檢測單核?酸變異之差異

本研究旨在比較次世代基因定序（Next Generation Sequence, NGS）使用Deoxyribonucleic Acid（DNA）與Ribonucleic Acid（RNA）檢測單核苷酸變異方面的差異。我們分析了73名病人的病理組織檢體，使用TruSight Oncology 500（DNA-based NGS）和FUSIONPlex Pan Solid Tumor v2 panel（RNA-based NGS）進行檢測。結果顯示，RNA-based NGS測得的變異等位基因頻率（Variant Allele Frequency, VAF）與DNA-based NGS相關性極高，達R²=0.90（p<0.0001），顯示出良好的一致性。若為僅於RNA-based NGS檢測到的變異中，可以發現全部VAF均小於DNA-based NGS的偵測極限，推測為DNA-based NGS無法檢測此類變異的原因。又透過微滴式數字聚合酶連鎖反應（Digital droplet PCR , ddPCR）進一步驗證，顯示其VAF雖低於RNA，但確認了DNA存在突變。綜合結果顯示，RNA-based NGS在檢測單核苷酸變異（Single Nucleotide Variants, SNVs）方面不亞於DNA-based NGS，甚至展現更高的靈敏度。此研究提供了核酸檢體選擇的依據，給予臨床檢測更多元的思考面向，亦顯示兩者可互補以提升檢測效率。