常用於食品製造的真菌，是最佳的益生菌來源

食品加工業會選用某些真菌的品系來進行發酵、增添風味，或者萃取一些異源分子。最新研究指出，有兩種真菌可以製作成益生菌（probiotic）食品，有助於抑制腸道發炎。人類食物中存在的各式各樣真菌品系，特別是酵母菌，能幫助人們製作紅酒、麵包與起司，用途甚廣；然而，它們對宿主的健康以及其體內的微生物群扮演何等角色，又有哪些用於食品加工的真菌實際上可成為新益生菌食品，仍有待探索。