審計機關為了解園區治理成效之良窳，經長期規劃查核結果，核有：1.園區管理局企業社會責任報告書揭露內容詳簡不一，允宜研議共同性揭露原則；2.園區碳排放統計資訊未盡完整，無法據以評核減碳成效或研提治理策略；3.園區事業廢棄物具有可資源化潛力項目，仍待回收再利用，允宜妥擬配套措施；4.園區公共管線埋設風險管理功能有待強化，以維護公共安全；5.危害性化學物質運輸及管理作業未盡周妥；6.園區地下水污染控制場址尚未完成整治、環境品質監測及污泥管控作業未臻周延等情事，經建請研謀改善，已獲具體回應。
審計機關為接軌國際環保審計發展潮流，依政府審計系統化流程，分就審計目標、資訊蒐集、選案、規劃、調查、報告、追蹤等流程，進行規劃及查核，並妥適運用各式管理工具，以全面了解科學工業園區永續環境治理情形。包括以風險圖像評估風險發生機率及影響程度，作為選案基準；以「規劃矩陣」設定個別抽查項目，篩選及剖析查核議題；以電腦輔助查核軟體進行資料勾稽篩選；並運用訪談、查詢、覆核、觀察、分析、比較、盤點等方法，確認審計證據之完整性、充分性、可靠性、攸關性及客觀性。
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