優化PKD1基因變異檢出率之分子檢驗設計經驗分享

自體顯性多囊腎病（ADPKD）主要致病因為PKD1基因突變所致，由於PKD1基因中存在GC-rich區域與高度同源偽基因（Pseudogene），傳統PCR與Sanger定序在檢測過程中常受到限制，特別是GC-rich區域易導致等位基因脫落（ADO），進而產生偽陰性現象並降低檢測準確性。本研究針對PKD1第1外顯子及鄰近5′UTR的GC-rich區域，設計長片段PCR反應藉此提升檢測敏感度。定序結果顯示，未避開GC-rich的PCR引子設計無法正確檢測PKD1 c.109del基因變異，會產生ADO現象；採用避開GC-rich的長片段PCR引子設計，可成功放大增幅GC-rich區域並檢出PKD1 c.109del基因變異現象；顯示該策略能顯著改善GC-rich區域的檢測效率與準確性。本研究證實PKD1的GC-rich區域是造成ADO與偽陰性的關鍵因素，優化PCR引子設計可有效減少ADO所造成的偽陰性檢測結果，提升檢測靈敏度與可靠性，為ADPKD的臨床診斷與遺傳諮詢提供更穩健的技術支持。