利用核糖體內轉錄區間第二段部分序列於分子鑑別肉桂屬肉桂植物樣品品種之研究   全文下載

Genetic Identification of Cinnamomum Species Based on Partial Internal Transcribed Spacer 2 of Ribosomal DNA

本文探討利用核糖體內轉錄區間第二段序列（internal transcribed spacer 2, ITS2）應用於分子鑑別肉桂屬肉桂植物樣品品種之研究。實驗使用之肉桂屬肉桂，包括來源為中國大陸的菌桂、陰香、錫蘭肉桂、越南清化桂及台灣土肉桂等共有五個品種（共含11個）樣本，使用聚合?鏈鎖反應 （PCR）、去氧核糖核酸定序等方法來研究樣本的遺傳基因變異程度，同時也評估其用於分子鑑別不同品種肉桂屬肉桂之可行性。樣本之分子親緣演化樹（Phylogenetic trees）的構建是利用包括UPGMA, NJ 以及ME等三種方法，結果顯示依據ITS2 序列的變異來做分群，五個品種共11個實驗樣本可分為四個主要分群，其中陰香與土肉桂兩者不僅在親緣上比較相近，兩者也都較相近於菌桂。同時，實驗結果也顯示五種肉桂屬肉桂之品種間存在有足夠ITS2序列變異，因此可用以分子鑑別不同五種肉桂屬肉桂之品種。總而言之，ITS2序列差異可用來分子鑑別肉桂屬，包含大陸的菌桂、陰香、錫蘭肉桂、越南清化桂及台灣土肉桂等五種肉桂屬肉桂之品種。"

The present study investigates the genetic identification of Cinnamomum species by analyzing the nucleotide sequences of the partial non-coding internal transcribed spacer 2 (ITS2) of ribosomal genes. The genetic diversity of the five Cinnamomum species (Cinnamomum cassia, C. zeylanicum, C. loureiroi, C. osmophloeum and C. burmannii) was studied using polymerase chain reaction (PCR) amplification and a DNA sequencing method to molecularly identify the tested specimens. Phylogenetic trees were constructed using several clustering methods, including unweighted pair-group method with arithmetic average (UPGMA), neighbor-joining (NJ) and maximum evolution (ME). The eleven test samples were clustered into three major groups based on partial ITS2 sequences. The phylogenetic results showed that C. osmophloeum and C. burmanii are phylogenetically related to each other and that both are more closely related to C. cassia. Based on our results, there is enough sequence variation within the sequenced ITS2 regions to identify individual specimens among the five tested Cinnamomum species. Therefore, these ITS2 regions could be adopted as a molecular marker for differentiating among C. cassia, C. zeylanicum, C. loureiroi, C. osmophloem and C. burmannii. 本文探討利用核糖體內轉錄區間第二段序列（internal transcribed spacer 2, ITS2）應用於分子鑑別肉桂屬肉桂植物樣品品種之研究。實驗使用之肉桂屬肉桂，包括來源為中國大陸的菌桂、陰香、錫蘭肉桂、越南清化桂及台灣土肉桂等共有五個品種（共含11個）樣本，使用聚合酶鏈鎖反應 （PCR）、去氧核糖核酸定序等方法來研究樣本的遺傳基因變異程度，同時也評估其用於分子鑑別不同品種肉桂屬肉桂之可行性。樣本之分子親緣演化樹（Phylogenetic trees）的構建是利用包括UPGMA, NJ 以及ME等三種方法，結果顯示依據ITS2 序列的變異來做分群，五個品種共11個實驗樣本可分為四個主要分群，其中陰香與土肉桂兩者不僅在親緣上比較相近，兩者也都較相近於菌桂。同時，實驗結果也顯示五種肉桂屬肉桂之品種間存在有足夠ITS2序列變異，因此可用以分子鑑別不同五種肉桂屬肉桂之品種。總而言之，ITS2序列差異可用來分子鑑別肉桂屬，包含大陸的菌桂、陰香、錫蘭肉桂、越南清化桂及台灣土肉桂等五種肉桂屬肉桂之品種。