利用外顯基因體分析來尋找肺癌病人之過度甲基化基因

Application of Array-Based Epigenomic Technology for the Identification of Hypermethylated CpG Site in Lung Cancer Patients

癌症一般認為與基因體與外顯基因體發生變異有關，而在外顯基因體研究中，基因啟動子過度甲基化是最主要造成基因不活化的原因。抑癌基因的啟動子過度甲基化，會造成抑癌基因不活化，進而導致癌症的發生，所以在癌症基因體中過度甲基化的區域可能包含有新穎的抑癌基因。因此我們利用差異甲基化雜交法(differential methylation hybridization)的微陣列分析及染色質免疫沈澱晶片分析法(chromatin immunoprecipitation -on -chip)，針對20 位非小細胞肺癌病人及數個肺癌細胞株進行基因體的過度甲基化區域及染色質鬆緊狀態研究。結果發現在不同的肺癌子類型及肺癌分期，有特定的基因被過度甲基化，這些過度甲基化基因也許可以作為早期偵測及預測癌症發展的生物指標。於肺癌病人的差異甲基化雜交法的結果中，我們發現一個與抗細胞增生、細胞靜止與細胞分化的COL14A1基因啟動子有過度甲基化的情形，而且在染色質免疫沈澱晶片分析法中，COL14A1啟動子的染色質區域相較於正常肺細胞，肺癌細胞呈現較為緊密的狀態。此外，我們發現有60.4%的非小細胞肺癌病人有COL14A1基因啟動子過度甲基化的情形，而且其mRNA及蛋白質分別有50.0%及43.9%的低表達情形。另外我們也發現COL14A1基因啟動子過度甲基化與晚期肺癌病人有統計相關。總結，我們利用外顯基因體的分析實驗所找出的肺癌病人過度甲基化基因，可能參與肺癌的形成與進程，未來也許可作為肺癌的生物指標。