免疫系統的主要功能是要使個體遭遇到外來抗原的入侵時，能引發適當的免疫反應足以抵禦外來抗原的威脅，卻不至於對自己體內產生的物質有不當的反應造成危害。所以，免疫系統是需要受到嚴密而精確的調控的，而這種調控是透 過很多複雜的機制來進行，總稱為免疫調控 （immune regulation ）。體內免疫細胞有機會接觸到的抗原，包括：自身的抗原與外來入侵者的抗原；因此，辨識『自我』與『非我』的抗原是免疫系統首要任務。在 T細胞的發育過程中，T細胞會先至胸腺接受篩選，大多數會對自體抗原高度反應的T細胞在此地便會遭到刪除，而無法流竄至周邊血液中引發自體免疫反應。然而，這種機制顯然不夠周延， 因為有些自體抗原並沒有在胸腺表現，所以無法透過胸腺之刪除機制將其消滅，也因此這一類會對自體抗原反應之T細胞仍存在於周邊血液中並具有引發人體產生自體免疫疾病的潛力。這是免疫系統對個體帶來的第一考驗。此外，當有外來抗原入侵引發免疫系統活化時，體內效能性T細胞（effecter T cells）的數目與抗體濃度都會逐漸增加以徹底消除入侵物。然而，若入侵物已不存在體內，抗原專一性免疫細胞的活化與增生便需要減緩使T細胞數目與抗體濃度適時回歸常態，否則過多的免疫活化細胞與其製造的媒介物存在體內將有誤傷自身的危害。這是對免疫系統的第二項考驗。免疫調控的目的便是為了使免疫系統運作時能順利通過這兩項考驗，並應用各種生理機制來調節免疫反應的強弱。倘若，免疫系統的調控失常則引發的免疫反應不但無法維護個體的健康反而會引發自體免疫疾病（autoimmune diseases）或是微生物感染後引發的免疫反應過度造成的疾病。因此，藉由了解免疫調控的機制有助於我們對免疫系統相關疾病之致病機轉的認識，並作為未來治療方法之參考。在各種免疫調控機制中，調節性T細胞是屬於其中的一種作用模式，其具有抑制免疫作用細胞的活化與增生的能力。當免疫系統受到胸腺依賴型抗原 （thymus-dependent antigen）剌激後，許多免疫作用細胞會活化以清除入侵抗原的同時，調節性T 細胞也會適時發揮作用以調節免疫反應。因此， 效能性T細胞與調節性T細胞之平衡與消長將會影響個體是否足以完全的清除抗原或引發過度的發炎反應的結果。倘使，兩者之間的平衡有任何偏差便會導致自體免疫疾病的產生。
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