瑕疵修補請求權與同時履行抗辯權

甲市政府（下稱「甲市府」）與乙營造股份有限公司（下稱「乙公司」）訂立工程契約，由乙公司承攬甲市府「A辦公大樓新建工程」（下稱「系爭工程」），並約定報酬。於工程完成驗收後，甲市府發現系爭工程多處有牆壁滲水、天花板漏水等瑕疵，因而主張在瑕疵修復前，伊得行使同時履行抗辯權，拒絕給付系爭工程尾款。乙公司主張系爭工程完工驗收後發現之瑕疵與甲市府給付尾款之義務並非立於對待給付之地位，甲市府不得據以拒付尾款？試問：甲主張同時履行抗辯權拒付尾款，是否有理由？