次世代定序技術於公共衛生領域之應用──以分析2014－2017年帶NDM-5抗藥基因之菌株為例

次世代定序（Next-Generation Sequencing, NGS）具有高輸出量及不受限檢測標的數目之優點，常運用於細菌抗藥基因研究。疾病管制署收集2014－2017年8株檢出帶NDM-5基因之carbapenem-resistant Enterobacteriaceae（CRE）通報菌株，分別來自北部2家（HH及TH）與南部1家（CH）醫院。在HH醫院5株CRE中，以脈衝膠電泳（pulsed field gel electrophoresis, PFGE）親緣分析、質體圖譜及NDM-5所在質體大小均相近，且NDM-5之NGS組裝片段相同，顯示其來源具流行病學關聯。來自TH醫院的TH1及TH2，其PFGE親緣分析、質體圖譜及NDM-5所在質體大小均相異，但NDM-5之NGS組裝片段相同，推測與傳播抗藥基因的插入序列IS26有關。而CH菌株的NDM-5質體則與國際間流行的NDM-5質體序列相近，顯示該質體可能為境外移入。本文彙整NGS技術用於解序重要抗藥質體之經過，以提供CRE抗藥機制之分子流行病學參考運用。建議未來持續監測國內CRE，以掌握國內抗藥細菌分布及流行情形。