裁罰參考表與法律原則

A公司因會計作業疏忽,誤以C公司開立予其關係企業B公司發票一紙,作為進項憑證申報扣抵銷項稅額,致短繳營業稅二萬元,而B公司因當期漏未將該發票提出扣抵,致多繳營業稅二萬元。稽徵機關依營業稅法第五一條第五款「虛報進項稅額」,按所漏稅額處二倍罰鍰。A不服,主張其誤將關係企業進項稅額扣抵,並未造成國庫損失,不應處罰;縱予罰鍰,依裁罰參考表重複申報造成國庫損失僅罰一倍罰二倍與平等及比例原則有違,提起訴願。問A公司之主張是否有理?