行政處分對行政機關的構成要件效力

"甲公司為某甲級廢金屬處理工廠,為從泰國進口一批鎘廢料,並以海運方式自高雄港進入台灣,而向行政院環境保護署申請核發輸入許可。經環保署審查後,認為甲公司合乎申請要件,且該廢料並無嚴重危害人體健康或生活環境的事實,爰發給輸入許可文件。甲公司乃委託船公司乙載運該批廢料,不料,在申請入港時,交通部高雄港務局以該批廢料有危害環境之虞而拒絕其入港,試問:高雄港務局拒絕入港的決定是否合法?"