細菌基因分型技術在食媒疾病分子流行病學上的應用

細菌基因分型是現今公衛實驗室進行疾病監測與疾病爆發事件調查經常使用之方法。脈衝電泳（pulsed-field gel electrophoresis, PFGE）與多點可變異重覆序列分析法（multilocus variable number tandem repeat analysis, MLVA）因對大多數細菌種類具有高分型解析力，是最常使用的細菌基因分型技術。細菌基因分型結果與疾病爆發事件的解讀有三種主要模式：H1，一個疾病群聚感染事件是由同一基因型菌株所引發；H2，一個疾病群聚感染事件是由多種基因型菌株或多個不同病原菌種所引發；H3，多個疾病群聚感染事件是由同一基因型菌株所引發。隨著次世代定序技術的進展，全基因體定序（whole genome sequencing, WGS）將成為公衛實驗室常規分析菌株的方法。菌株全基因體序列提供豐富的訊息，可用於擷取菌株血清型、致病因子、抗藥基因與可展示菌株經歷長短時距演化之基因圖譜資料。全基因體定序將在數年內取代脈衝電泳與多點可變異重覆序列分析法，成為公衛實驗室進行細菌菌株基因分型的最終方法。疾病管制署需儘速建立實驗室全基因體定序之量能與序列資料分析能力，充分準備以面對次世代定序技術的來臨。