承攬報酬請求權之消滅時效

甲營造公司承建乙機關之行政大樓興建工程,約定工程款報酬為新臺幣九千萬元並登記乙機關為起造人。其後因工程細部修改以及工期延誤等問題,截至工程驗收結算時,乙機關拒絕依原本約定數額為給付款項,雙方雖多次協商均未有結果,至工程完成二年後,於甲所提給付報酬訴訟中,乙機關再提出系爭工程款債權已罹於時效之抗辯拒絕給付,甲則主張系爭請求權時效尚未完成。試問:何者之主張有理由?